dna-binding

E3330 是一种口服有效的选择性 AP 内切核酸酶 1 (APE1; REF-1) 抑制剂，可抑制NF-κB DNA 结合活性。它阻断 TNF-α 诱导的肝癌细胞系中 IL-8 的激活，可以抑制癌细胞的生长和迁移，具有抗癌活性。

Kamebakaurin (Kamebakaurine) 是一种提取自Isodon japonicus 中的天然产物，是一种NF-κB 的抑制剂，能够抑制 p50 的 DNA 结合活性。

HLM006474 是光谱的E2F 抑制剂，在 A375 细胞中，可抑制 E2F4 DAN 结合(IC50:29.8 µM)。

2',3'-cGAMP sodium (2'-3'-cyclic GMP-AMP sodium) 是细胞天然免疫中第二信使，在 DNA 结合条件下由 cGAMP 合成酶 (cGAS) 催化形成。2',3'-cGAMP sodium 可与 STING 结合形成二聚体，诱导 IFN-β 及其他细胞因子的产生和表达。

Calf thymus DNA (DNA from calf thymus, Thymonucleic acid) 是一种从牛胸腺中提取出来的高质量双链模板DNA，可广泛应用于DNA 结合抗癌剂和调节DNA 结构和功能的DNA 结合剂的研究。

AOH1996 是一种具有口服活性的复制体组分 PCNA (增殖细胞核抗原) 配体，靶向转录-复制冲突 (TRC)。AOH1996 可干扰 PCNA 与其结合蛋白的相互作用，导致 DNA 复制应激，诱导细胞凋亡 (apoptosis)。AOH1996 通过稳定 PCNA 和 RNA 聚合酶 II 的相互作用从而导致蛋白酶体依赖的 rpb1 降解和致命的 DNA 损伤。AOH1996 与 DNA 损伤剂具有协同作用，可抑制肿瘤细胞生长。

DB1976 是一种 DB270 的硒烯类似物，是一种高效且可渗透细胞的转录因子 PU.1 的抑制剂。在体外，DB1976 有效抑制 PU.1 结合 (IC50 为 10 nM)，可强烈抑制 PU.1 DNA 复合物 (具有高 DB1976-λB 亲和力，KD 为 12 nM)。DB1976 具有诱导细胞凋亡的作用。

Aldoxorubicin hydrochloride 是 Doxorubicin (DNA 拓扑异构酶 II 抑制剂) 的白蛋白结合前药。Aldoxorubicin hydrochloride 在酸性条件下从白蛋白中释放出来。 Aldoxorubicin hydrochloride 显示出有效的抗肿瘤活性。

inS3-54-A26 是 STAT3 的 DNA 结合域的抑制剂。 inS3-54-A26 抑制肿瘤生长、转移和 STAT3 的基因表达。

P53R3是一种有效的 p53再激活剂。P53R3可恢复 p53热点突变体的序列特异性 DNA 结合，包括p53 R175H、p53 R248W 和p53 R273H。P53R3特异性诱导p53依赖性抗增殖作用，其特异性比PRIMA-1高得多的。P53R3增强野生型p53和p53 M237I 向靶基因启动子的募集。P53R3强烈增强死亡受体死亡受体5（DR5）的mRNA、总蛋白和细胞表面的水平。P53R3用于癌症研究。

DB1255 is a ERG DNA binding inhibitor which targets the DNA-binding activity of the human ERG transcription factor.

Tetramethylcurcumin 是一种新型姜黄素类似物，是一种有效的 STAT3 磷酸化、DNA 结合活性和体外反式激活抑制剂。它具有抗炎和抗癌作用。

Zalcitabine (Dideoxycytidine) 是一种核苷类似物逆转录酶抑制剂，用于HIV 感染相关研究。

Emamectin Benzoate (MK-244) 是口服有效的神经系统毒物，其通过结合昆虫中的 GABA 受体发挥作用。它是阿维菌素的半合成衍生物之一，具有广谱的杀虫和杀螨活性。它诱导ROS 介导的 DNA 损伤和细胞凋亡。

Penciclovir (BRL 39123) 是一种疱疹病毒核苷类似物 DNA 聚合酶抑制剂。它作用于HSV1 和 2，IC50分别为 0.04-1.8 μg mL 和 0.06-4.4 μg mL。

Zebularine (4-Deoxyuridine) 是一种 DNA 甲基化抑制剂，还抑制胞苷脱氨酶。它通过以共价水合物的形式与活性大小结合，充当胞苷脱氨酶的过渡态类似物抑制剂。

Spermidine (N-(3-Aminopropyl)-1,4-diaminobutane) 属于天然多胺，存在于核糖体和活组织中，在生物体内具有各种代谢功能。Spermidine 具有炎症减轻、调节脂质代谢、调节细胞生长和死亡的功能。

Irinotecan (CPT-11) 是喜树碱的衍生物，是一种 DNA 拓扑异构酶 I (Topo I) 的抑制剂。Irinotecan 通过与 Topo I 复合物结合来阻止 DNA 链的重新连接，并导致双链 DNA 断裂和细胞死亡，具有抗肿瘤活性。

TCEP hydrochloride (Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride) 是一种三烷基膦，可选择性地减少蛋白质的分解。TCEP hydrochloride 是一种非硫醇还原剂，可促进 NF-κB-DNA 的结合。

Benzoquinoquinoxaline（BQQ）是一种具有氨基烷基侧链的杂环化合物，含有苯并和喹啉环结构。BQQ是三螺旋特异性稳定化合物，通过优先结合到DNA三重结并插入碱基之间。BQQ与1,10-phenanthroline的复合物能够特异性地结合并在形成三重结构的位点上切割双链DNA。

DB1255 2TFA 是一种 ERG DNA 结合抑制剂，在小沟位点具有不寻常且强大的单体结合模式，可用于研究基因病。

BRD20322 是一种新型的 spCas9 强效抑制剂，能够破坏 spCas9 与 DNA 的结合，并在人类细胞系中实现 spCas9 的剂量和时间控制。它通过抑制 spCas9 的活性，减少非特异性 DNA 编辑事件，从而提高 CRISPR-Cas9 基因编辑系统的安全性和精确性。

(iso)-BRD20322是BRD20322的同分异构体。BRD20322 是一种新型的 spCas9 强效抑制剂，能够破坏 spCas9 与 DNA 的结合，减少非特异性 DNA 编辑事件，从而提高 CRISPR-Cas9 基因编辑系统的安全性和精确性。

BK60106是一种选择性的跨膜蛋白CD99的抑制剂，通过直接结合CD99的胞外结构域导致Ewing Sarcoma (尤因肉瘤)细胞死亡。