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PDBbind

复合物亲和力数据，助力算法开发

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TargetMol | Technology Services

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PDBbind优势

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一站式服务

AI+药物发现平台
帮助发现PCC

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专业团队

十年经验
服务到家

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实时更新

品类丰富
稳定供应

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性价比高

为您定制符合预算的药物发现方案，购买之后可以永久使用

结合亲和力数据库-PDBbind

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Provided by TargetMol

PDBbind 是全球规模最大、质量最优的生物分子复合物实验结合亲合力数据库，由王任小团队参与构建，系统性整合 Protein Data Bank（PDB）中复合物三维结构与精准实验结合数据，为计算药物设计、AI 制药、分子相互作用研究提供高质量、可直接用于建模的核心数据底座，是全球药物研发与结构生物学领域的标准数据源之一。

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核心定位与价值

数据库核心定位与价值

打通三维结构 — 定量结合数据 — 在线计算全链条，填补 PDB 结构与实验亲合力数据的匹配空白。
所有结合数据均从同行评审原始文献人工精校，不转录第三方数据，数据准确率＞97%。
为分子对接、虚拟筛选、AI 打分函数、靶点发现等提供基准数据集与训练样本。

v2025 版核心数据规模（最新版）

PDBbind v2025 总结合数据条目达35,924 条，覆盖四大类复合物：

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较 v2024 增长约7%，较上一免费版 v2020 增长超50%。
团队已核查 **58,000+** 篇文献，确保数据溯源可靠、标注统一。

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核心服务与数据内容

实验级结合亲合力数据

提供统一标注的Kd、Ki、IC50定量结合数据，覆盖小分子、多肽、蛋白、核酸等配体类型，适配药物活性评价与算法训练。

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标准化处理结构文件

1夯实基础：掌握计算机辅助药物设计核心概念，搭建完整知识体系框架
2深化认知：全面了解CADD领域最常用核心技术，明晰技术原理与应用场景
3实战落地：熟练操作多款主流药物设计软件，掌握全流程实操技能

PDBbind + 云平台与 AI 工具链

数据库通过PDBbind + 官方平台（www.pdbbind-plus.org.cn）开放访问，集成三大自研 AI 计算工具：

PLANET v2.0：超大规模虚拟筛选，跳过对接直接预测亲合力，速度较传统方法提升1000 倍，支持十亿级化合物库筛选。
COMET：多元组合式靶标预测，快速完成活性分子反向找靶，提供结合模式与概率排序。
STELLAR：深度学习模型，精准预测配体解离速率常数（koff），支撑结合动力学研究。

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检索、浏览与批量下载

支持按 PDB ID、靶点名称、配体结构、亲合力范围、分辨率等多维度检索。

提供复合物结构可视化、信息导出、批量结构包下载，支持学术研究与工业研发流程集成。

技术优势与特色

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典型应用场景与平台访问使用

药物发现：靶点验证、苗头化合物筛选、先导物优化、成药性评估。
算法开发：AI 打分函数训练、分子对接模型验证、结合亲合力预测。
基础研究：蛋白 - 配体 / 蛋白 - 蛋白 / 蛋白 - 核酸相互作用机制解析。
工业研发：超大规模虚拟筛选、老药新用、ADMET 性质关联分析。

官方平台：https://www.pdbbind-plus.org.cn/

支持免费演示账号，可预览核心数据与工具功能。提供学术订阅与企业合作方案，满足科研与工业化研发需求。

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PDBbind 以高质量数据 + AI 工具 + 云平台三位一体，持续赋能全球药物创新与结构生物学研究，是计算药物研发与分子相互作用领域不可或缺的核心基础设施。