购物车
全部删除
您的购物车当前为空

Natural Product-like Compound Library by Chemoinformatics and Substructure Search
自古以来,天然产物已被用于疾病治疗,并成为现代药物发现和开发的灵感来源。过去几十年中,约40%由FDA批准的开发药物是天然产物、其衍生物或与天然产物相关的合成类似物。天然产物类似物的评估在选择和优化天然产物类似药物和合成活性化合物方面是一项重要的工作。
基于化学信息学和子结构搜索开发特色的天然产物样化合物库。该库中包含3700个化合物。
采用了两种方法进行分析,即:
• 化学描述符计算
• 类天然产物评分
通过整合两类小分子筛选化合物集,运用这两种方法共筛选出超过3,700个具有优良特性的类天然产物分子。
基于化学描述符的选择方法
筛选过程分为两个步骤:
在内部数据库中,对类天然骨架及相关基团进行子结构检索:
| coumarins flavonoids aurones alkaloids (aloperine, cytisine, lupinine, colchicine) bile acids | aryl benzothiazole arylpiperazine arylpiperidine benzofuran benzoxazole benzodiazepine benzothiophene benzylpiperidine | indole indoline indolizine isoquinoline purine | quinazolinone quinoline quinoxaline steroide tetrahydroisoquinoline tetrahydroquinoline |
天然相似性评分
天然产物相似性评估是类天然产物药物与合成生物活性化合物筛选及优化中的重要依据。该研究通过天然产物相似性计算工具,基于化合物分子片段在天然产物(NPs)和小分子(SMs)中的出现频率总和进行天然相似性评分。从高通量筛选化合物库中筛选出9700余个化合物,其评分结果如图2和表1所示,展示了真实天然产物与类天然化合物基于评分的分布情况。
表1. 天然产物关键表征描述符的平均值
| PNP | MNP | SNP | NatDiv | LC | |
| MW | 393.9 | 503.6 | 409.2 | 441.3 | 389.2 |
| HAC | 28.2 | 34.6 | 29.1 | 31.1 | 27.7 |
| ClogP | 2.3 | 3.9 | 3.7 | 2.1 | 3.6 |
| H-donors | 2.7 | 2.6 | 1.4 | 2.3 | 1.4 |
| H-acceptors | 6.6 | 7.4 | 6.4 | 8.0 | 4.2 |
| TPSA | 98.9 | 108.9 | 83.2 | 104.7 | 79.8 |
| Ring count | 3.6 | 2.9 | 3.5 | 4.0 | 3.9 |
| Aromatic rings | 5.1 | 3.5 | 11.8 | 9.5 | 15.3 |
| Rotatable bonds | 5.2 | 11.5 | 6.1 | 5.3 | 5.0 |
| Number of N atoms | 0.7 | 1.2 | 2.1 | 3.6 | 2.6 |
| Number of O atoms | 5.9 | 6.1 | 4.3 | 4.4 | 3.1 |
| Number of chiral atoms | 5.5 | 6.3 | 1.4 | 2.3 | 1.3 |
| LipViol≥2 | 18% | 30% | 10% | 8% | 2% |
