Pefloxacin通过多种途径发挥强力杀菌作用；该是‘双相的’：随着单一快速杀灭作用之后增加浓度,反而会减弱杀菌作用；用Pefloxacin培育的细菌细胞中,SOS反应（非复制的DNA修复）被诱导,且该反应会阻止复制,阻断纺锤体形成及细胞分裂。故SOS反应最终对细菌是有害的,干扰了细菌的形态学和生化性质。与其它喹诺酮类抗生素类似,Pefloxacin主要作用于细菌DNA促旋酶(拓扑异构酶II),一种必需的细菌酶。Pefloxacin能够高效抑制肠杆菌科(肠杆菌,枸橼酸杆菌,克雷白杆菌,变形杆菌,摩根氏菌属)；Pefloxacin对该细菌家族所有种属的最小抑菌浓度(MICs)范围为0.03~8 mg/L；对志贺氏杆菌,沙门氏菌和耶尔森菌属的MIC50/MIC90分别为：0.06/0.06,0.12/1.0,0.12/0.25 mg/l。Pefloxacin对嗜肺军团菌的抑制作用较弱(MIC50/MIC90:1.0/1.0 mg/l)；对霍乱弧菌,侵蚀艾肯菌的抑制作用非常弱,而单核细胞增多性李斯特氏菌,幽门螺旋杆菌和星状诺卡氏菌对Pefloxacin耐药,MIC50≥8 mg/l。分枝杆菌对Pefloxacin敏感度一般甚至不敏感,且大多厌氧菌均对Pefloxacin耐药。立克次体菌和克次体在可治疗浓度下是敏感的,而支原体和衣原体对Pefloxacin敏感性很差(MIC50/MIC90: 2/8 mg/l)。Pefloxacin对革兰氏阴性需氧菌,比如产碱杆菌,绿脓杆菌,假单胞菌,不动杆菌的MICs范围为1~4 mg/l。革兰氏阳性球菌,包括凝固酶阴性葡萄球菌和金黄色葡萄球菌,就算对其他抗生素耐药,对Pefloxacin也具有一定敏感性,MICs的范围为0.125-0.5 mg/l。