5(6)-TAMRA SE (5(6)-Carboxytetramethylrhodamine N-succinimidyl ester) is the amine-reactive, mixed isomer form of TAMRA. 5(6)-TAMRA SE is a dye for oligonucleotide labeling and automated DNA sequencing applications.

使用方法
一、 试剂准备：选择 DMSO（例如：10 mM 储备溶液）或水，具体浓度根据实验要求来调整。一般使用 1–10 μM 的染料浓度进行标记。
二、操作步骤
1.标记过程：
1）准备寡聚核苷酸：选择适当的寡聚核苷酸并将其溶解，常用浓度为 10–100 μM。
注意事项：确保寡聚核苷酸的质量良好，并根据实验需求进行合成。
2.标记反应：
1）将 5(6)-TAMRA SE 溶液加入到寡聚核苷酸溶液中。通常使用 1:10 到 1:100 的摩尔比。
2）反应通常在 30 分钟到 1 小时的时间内进行，反应条件为室温或稍低的温度（如 4°C）。
3）根据实验的需要，反应时间和温度可以进行优化。
3.反应优化：
1）反应可以在磷酸盐缓冲液（PBS）或 Tris 缓冲液中进行，保持 pH 值为 7.0 到 8.5，这对标记反应有帮助。
2）如有必要，可以在反应中加入适量的化学试剂（如阻止非特异性反应的酯酶或氨基酸）以优化标记效果。
4. 去除未结合的染料：
1）反应结束后，需要去除未结合的 5(6)-TAMRA SE。可以通过以下方法进行：
2）透析：通过透析去除溶液中的游离染料。
3）凝胶过滤：使用凝胶过滤柱去除未结合的染料。
4）离心：通过离心分离已标记的寡聚核苷酸与自由染料。
5.荧光检测：标记后的寡聚核苷酸可以进行荧光检测。使用荧光显微镜、实时 PCR 仪器或其他荧光成像系统测量荧光信号：
激发波长：540 nm
发射波长：595 nm
6. 数据分析：
根据标记的荧光强度，可以分析目标 DNA 序列的特性、探针的结合效率及寡聚核苷酸在 DNA 测序中的应用。
注意事项：
1.溶解性： 5(6)-TAMRA SE 溶解度较好，但需要避免在使用过程中染料暴露在强光下，防止荧光信号衰减。
2.非特异性结合：在标记反应时要控制染料的浓度和反应时间，避免染料与非目标分子发生非特异性结合。
3.保存：染料应避光保存，通常需要在低温下（-20°C）存储以保持其稳定性。