5-ROX, SE ([5-Carboxy-X-rhodamine, succinimidyl ester] *Single isomer*) is a labeling reagen used in the preparation of charge-modified dye-labeled Dideoxynucleotide Triphosphates (ddNTP) to "direct-load" DNA sequencing.

使用方法
一、溶液配置
1. 储存液配置：5-ROX, SE使用无水DMSO或DMF进行溶解，浓度一般建议为1-10 mM，具体浓度可以根据实验需要调整。
2.工作液配置：使用水或者PBS将储存液稀释至一定浓度，具体浓度需要根据实验情况来定。
二、操作步骤
1. 标记反应：
1）将溶解的5-ROX, SE与含有胺基的ddNTP溶液混合。
2） 反应通常在pH 8.0-9.0的条件下进行，以促进NHS酯与ddNTP分子中的胺基反应。
3） 反应时间通常为30分钟至1小时。反应可以在室温下进行，也可以在4°C进行过夜反应，具体反应条件根据实验的要求进行优化。
2.清除未反应的染料：
1）反应完成后，使用透析、凝胶过滤或者离心的方法去除未反应的染料，避免影响后续的测序反应。
2）这些步骤有助于确保纯净的标记ddNTP用于DNA测序。
3.使用标记ddNTP进行DNA测序：
1）使用标记了5-ROX, SE的ddNTPs进行DNA合成反应。通过这种方法，可以在DNA合成过程中直接加载荧光标记，进行不同的碱基识别。
2）5-ROX的荧光特性（Ex/Em: ~570/602 nm）使其在测序中与其他常用的荧光标记有良好的区分度，帮助识别不同的碱基。
注意事项：
1.标记后的ddNTPs应储存在-20°C，避免反复冻融，确保标记的稳定性。
2.未使用的5-ROX, SE溶液应保持在-20°C，并避免暴露在强光下，以避免荧光衰减。