将化合物溶解于 1 mM HCl 以达到 10 mg/mL 的浓度，添加 2 mM 氯化钙作为稳定剂，混合液可于 4℃ 保存一周。蛋白质的制备涉及几个步骤：首先，将蛋白质溶解在 100mM Tris-HCl 和 10 mM CaCl2 (pH 8.0) 中。对于难溶或需变性的蛋白质，可在室温至 37℃ 下以最小体积溶解于变性剂（如 6-8 M 尿素或 6 M 盐酸胍）中 1 小时。某些情况下，加热样品至 60℃ 并维持 15-20 分钟更有利于溶解。接着，向溶解的蛋白质中添加 DTT 或 β-巯基乙醇至最终浓度为 5 mM，并在 50-60℃ 下加热 20 分钟。第三步，冷却后添加碘乙酰胺至最终浓度为 15 mM 进行烷基化。最后，用 100 mM Tris-HCl 和 10 mM CaCl2 (pH 8.0) 调整反应体积，以使尿素或盐酸胍浓度不超过 1 M。酶重构的步骤中，将凝乳蛋白酶溶解于 1 mM HCl 中，浓度建议为 0.5-1 μg/μL。为完成消化步骤，将凝乳蛋白酶添加至最终蛋白酶与蛋白比例为 1：200 至 1：20 (w/w)，于 25℃ 孵育样品 2-18 小时，消化过程可通过加入 0.5% 三氟乙酸终止。