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- 背景
尽管RNA靶向化合物作为潜在治疗药物持续受到关注,蛋白质仍是临床批准小分子药物的主要靶点。结构生物学的进步为新药开发提供了RNA-蛋白质相互作用机制的深入理解,从而推动了针对RNA相关蛋白质的新药研发。
长期以来,RNA相关蛋白因其通常非催化性且与RNA的相互作用复杂,难以设计特异性抑制剂,被视为“不可成药”。然而,最近已发现多种小分子抑制剂针对不同的RNA相关蛋白靶点。特别是,这一策略已被用于靶向致癌性miRNA和HIV,并预测这些抑制剂可作为抗真菌剂有效。因此,通过调节RNA相关蛋白的活性,有可能治疗从癌症到病毒感染的多种疾病。 - 库设计
首先,从文献来源中收集了一组被报道为能够与RNA结合蛋白结合的分子参考集,使用了PDB和ChEMBL数据库。随后,通过剔除具有低解离常数(Kd > 10 μM;抑制,IC50等 ≤ 10μM)的化合物,对结合活性进行了限制。
接下来,对Life Chemicals高通量化合物库进行了二维相似性搜索,保持了较高的多样性值(Tanimoto和Tversky指数分别≥0.80和≥0.85)。结果,筛选出了超过6,500种具有预测RNA相关蛋白结合活性的类药化合物,构成了最终的筛选集。