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背景信息
尽管以RNA为靶点的化合物作为潜在治疗手段日益受到关注,蛋白质仍是临床获批小分子药物的主要作用靶点。结构生物学的进步揭示了RNA与蛋白质相互作用机制,为开发靶向RNA结合蛋白的新药奠定了基础。
由于RNA结合蛋白常通过非催化性且复杂的相互作用与RNA结合,长期以来一直被视为"不可成药"靶点,这限制了特异性抑制剂的设计。然而近年来,研究人员已成功发现数种针对不同RNA结合蛋白靶点的小分子抑制剂。特别值得注意的是,该策略已被应用于靶向致癌microRNA和HIV病毒,且这些抑制剂预计可作为有效的抗真菌药物。因此,通过调控RNA结合蛋白的活性,有望实现从癌症到病毒感染等多种疾病的治疗。
化合物筛选流程
首先从文献来源中收集了一组经报道具有RNA结合蛋白能力的参考分子集,数据源自PDB和ChEMBL数据库。随后通过结合活性进行筛选,剔除解离常数较高的化合物(Kd > 10 μM;抑制率IC50等指标 ≤ 10μM)。
接着对内部数据库进行二维相似性搜索,保留高多样性分子(塔尼莫托系数与特弗斯基系数分别≥0.80和≥0.85)。最终筛选出逾6,500种具有潜在RNA结合蛋白活性的类药化合物,构成最终筛选库。





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