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库设计
该库的构建遵循了一种严谨且结构导向的计算策略,旨在最大限度地提高识别生物活性化合物的潜力。基于已知的免疫学和炎症靶点配体,我们采用了正交相似性搜索方法:
1、2D相似性评估:利用拓扑指纹识别与参考配体具有显著亚结构特征和骨架结构的化合物,快速扫描化学空间寻找相关分子。
2、三维相似性评估:比较关键药效团特征(氢键供体/受体、电荷、疏水区域)在可能的生物活性构象中的空间排列,优先选择能够模拟基本结合相互作用的分子。
3、形状相似性评估:量化体积和表面地形重叠,以确保立体兼容性,选择3D形状最佳补充潜在靶标结合口袋的分子。