RNA靶向库EN

库设计
G-四链体是由基因组中重复鸟嘌呤序列形成的高阶、四链结构。尽管DNA G-四链体比RNA四链体更为普遍，但RNA四链体在多种生物过程中仍然至关重要，如表现遗传调控、端粒维持、线粒体RNA表达等。我们分析了所有已报道的RNA G-四链体（G4s）结构，并基于RNA适体和h-MYC G4s的建模，创建了6个对接模型。
核糖开关是细菌mRNA的调控区段，由一个代谢物结合适体和一个表达平台组成。它们对多种过程至关重要：病毒基因的表达、基因调控功能、mRNA编码蛋白质的生产控制、催化反应、与其他RNA或调控大分子的结合等。鉴于其在哺乳动物细胞中不存在，核糖开关是发现新型抗菌药物的极具吸引力的靶点。我们创建并使用了超过20个对接模型，用于对以下核糖开关进行计算机虚拟筛选：2-脱氧鸟苷、c-di-AMP、c-di-GMP、I类PreQ1、FMN、带有G40A突变的glmS核酶、谷氨酰胺II、甘氨酸、鸟嘌呤、L-谷氨酰胺、赖氨酸、metY SAM V、preQ1 II类、PreQ1、PRPP、s-腺苷同型半胱氨酸、SMK盒（SAM-III）、THF、硫胺素盒、硫-M、ZTP核糖开关。
RNA剪接调控可能是真核生物药物发现中最具吸引力的方向。调控RNA剪接是癌症治疗和遗传疾病治疗最有效的方法之一。我们重点关注调控性mRNA、前体mRNA以及RNA剪接所需的激酶靶点，这些激酶包括富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子蛋白激酶（SRPKs）和CDC2样激酶（CLKs）。
基于结构的方法（分子对接）已被用作构建文库的主要技术。我们分析了所有可用的RNA G4s、核糖开关、mRNA以及SRPK和CLK激酶的PDB结构。选择了独特的“蛋白质-配体”复合物进行进一步分析和对接模型构建。以下PDB结构被用于G4s：6C63、6e81、6E81、6E8S、7oa3、8EYV；以及核糖开关：2hom、2miy、3b4b、3d0u、3e5e、3irw、3npn、3p49、3q50、3ski、4lvy、4nya、4nyb、4nyd、4qk8、4rzd、5c45、5ddq、6ck4、6fz0、6p2h、6qn3、6uc8、6uc9、6wzs。
药效团模型采用以下配色方案表示：红色球体代表氢键受体，蓝色代表氢键供体，橙色代表芳香基团，灰色球体代表任何其他原子类型，紫色代表混合受体/供体基团。RNA核碱基以绿色高亮显示，天然配体为黄色，对接的示例配体以灰色显示。

分子对接模拟的实例，以及使用药效团模型、G-四链体

分子对接模拟示例，并使用药效团模型、核糖开关

分子特征

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。