溴结构域靶向库

库设计
本研究采用基于结构的方法，并以分子对接计算作为文库设计的主要手段。我们分析并提取了PDB和PDBe数据库中所有可用的各溴结构域亚家族的结构。研究选取了独特的“蛋白质-配体”复合物进行分析。纳入本研究的PDB结构包括：BRD2（4j1p、4a9o、5uew、6ffe、7l6d、7l9j、7oe8）、BRD3（3s91、7l9l）、BRD4（7ajn、7axr、7c2z）、BRDT（4flp、7l9a、7mrg）；PCAF（5fdz、5fe5）；TAF1（5i1q、6p38、7jjg）；ATAD2（6veo）；以及BPTF（5r4i、6lu5、7lp0）。

所有模拟计算具有一个共同点：潜在的配体与溴结构域结合口袋内的天冬酰胺（Asn）残基发生结合。所有其他结合位点则取决于具体的溴结构域及其天然配体的结构。例如，左侧图片展示了7l6d结构的对接示例。该模型具有以下关键特征：(1) 含有氢键受体，可与Asn 429相互作用，以及一个H₂O分子（与Tyr 386形成氢键桥），并且在结合口袋的另一部分还有一个氢键受体，可与Asp 377的肽骨架主链相互作用；(2) 具有两个芳香基团，用以填充Val 435与Leu 383之间，以及Pro 371与Leu 381之间的子口袋；(3) 具有可填充Tyr 428、Asn 429和Leu 383之间子口袋的任意原子基团。相比之下，右侧图片（5fe5）中的模型应包含略有差异的结合特性：(1) 含有氢键受体，可与Asn 803相互作用，以及一个H₂O分子（与Tyr 760形成氢键桥）；(2) 具有两个芳香基团，用于填充结合口袋，并有可能与Tyr 809产生堆叠相互作用。

溴结构域分子对接模拟示例

分子对接模拟溴结构域时，采用以下颜色方案：红色球体代表氢键受体，蓝色球体代表氢键供体，橙色球体代表芳香基团，灰色球体代表其他原子类型。蛋白质及其天然配体以灰色高亮显示，而对接配体示例则用黄色表示。

分子性质

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。