辅助转运蛋白靶标化合物库

转运蛋白调节剂库的训练集包含三组生物活性参考分子：电化学转运蛋白（溶质载体SLC超家族、囊泡神经递质转运蛋白家族）的活性阈值设为10 nM；初级主动转运蛋白（ATP结合盒、P型/类P型/类F型/类V型ATP酶、内质网逆向转运体家族、氧化还原驱动型转运蛋白）及其他类型（跨膜单电子传递载体、基团转运体）的活性阈值设为100 nM。辅助转运蛋白靶向库的训练集则包含钙通道辅助亚基α2δ家族、脂肪酸结合蛋白家族、钙通道辅助亚基γ家族、钙通道辅助亚基β家族、慢电压门控钾通道辅助蛋白家族、钙激活钾通道辅助亚基慢poke-β家族及电压门控钾通道β亚基家族的生物活性参考分子，其活性阈值同样设定为10 nM。
针对每个训练集，我们基于FCFP4、ECFP4、FCFP6和ECFP6分子指纹特征及分子描述符（包括LogP值、分子量、环数、可旋转键数、氢受体与供体数量以及分子极性表面积）构建了模型。首先计算训练集中各分子描述符的取值范围，随后对OTAVAchemicals化合物NCollection中每个待测化合物的相同描述符进行验证，判断其是否符合模板限制条件。若化合物的描述符值与模板限制条件匹配度更高，则该化合物更可能具有活性。所有活性概率均通过特殊数学工具计算得出。贝叶斯模型通过分析化合物在结构特征（包括分子指纹）等所有参数上与模板的相似程度，最终筛选出得分最高的化合物。
该方法的总体方案如下所示：