6-TAMRA-SE (6-TAMRA-NHS ester) is an amine-reactive form of tetramethylrhodamine and one of the traditional fluorophores used for automated DNA sequencing.

一、 DNA 自动测序
1.标记反应：6-TAMRA-SE 通常与 DNA 片段的末端或引物结合。反应中，6-TAMRA-SE 通过其 NHS 酯基团与 DNA 的氨基反应，形成共价键。该反应可在温和的条件下进行，常见的缓冲液包括 TE 或 PBS。
2.标记条件：标记反应时间为 30-60 分钟，在 4°C 下进行。为了提高反应的效率和标记密度，可以根据需要调整 pH 值和反应时间。
3. 纯化：标记后的 DNA 通常需要通过柱层析或凝胶电泳进行纯化，以去除未反应的染料分子。
4. 分析：使用荧光检测仪器（如自动测序仪）分析标记的 DNA 样本，通过激发特定波长的光并测量 6-TAMRA 的荧光发射（一般在 580-600 nm 波长）来确定 DNA 序列。
二、基因表达分析：
1.探针设计：6-TAMRA-SE 可通过与特定的探针连接，用于检测目标基因的表达。
2. PCR反应：将标记的探针加入 qPCR 反应体系中，使用荧光定量 PCR 仪器检测荧光信号的变化，反映目标基因的表达水平。
三、 蛋白质和核酸交互作用研究
1. 标记 DNA 或 RNA：将 6-TAMRA-SE 用于标记 DNA 或 RNA。
2. 共培养与分析：通过与目标蛋白质共同孵育，使用荧光显微镜或流式细胞术观察染料标记的信号。