Cy3 (Sulfo-Cyanine3) is an orange-fluorescent label for nucleic acid and protein (λex=554, λem=568).

一、蛋白质标记
实验步骤：
1. 准备CY3染料溶液： 将CY3溶解在适当的溶剂中（例如DMSO或PBS），浓度通常在1-10 μM之间。
2. 与抗体或蛋白质反应： 将CY3染料(10mg/ml)与目标蛋白质或抗体孵育。通常在室温下孵育30-60分钟，以确保染料与目标分子结合。
3.纯化： 使用透析或过滤去除未结合的染料，确保样本中仅有标记的蛋白质。
4. 荧光测量： 使用荧光显微镜或分光光度计，选择适当的激发波长（λex = 554 nm）和发射波长（λem = 568 nm）来检测标记的蛋白质。
二、 核酸标记
实验步骤：
1. 准备CY3标记的探针或引物： 合成带有CY3标记的探针或引物，通常使用常规的标记化学方法。
2.杂交： 在适当的反应条件下，将CY3标记的探针与目标核酸（如DNA或RNA）混合，并进行杂交反应。
3.荧光成像： 使用荧光显微镜或实时PCR系统，选择适当的波长检测CY3标记的核酸信号。
三、 双重标记实验：
实验步骤：
1. 标记多个目标： 使用CY3和其他荧光标记物（如FITC、Cy5等）分别标记不同的目标分子。
2.共聚焦成像： 通过共聚焦显微镜或多通道显微镜进行多重标记样品的观察，进行目标分子的空间定位。
注意事项：
1.光稳定性： CY3染料在高强度光照下可能会出现光漂白，因此需要优化荧光成像实验的曝光时间和光源强度。
2.溶解度： CY3的溶解度较好，但在使用时仍需避免过高浓度的染料溶液，以防止非特异性结合。
3.细胞渗透性： CY3具有较好的细胞渗透性，但在某些情况下，可能需要优化实验条件，如使用穿透性试剂或进行细胞膜修饰。