6-FAM SE (6-Carboxyfluorescein N-succinimidyl ester) is another isomer of carboxyfluorescein. 6-FAM SE is mainly used for labeling nucleotides and sequencing nucleic acids.

一、 核酸测序
1. 标记核苷酸： 6-FAM SE与核苷酸或寡核苷酸的5'端反应，琥珀酸酐酯基团与核酸中的伯胺基反应，形成共价结合的荧光染料。
2. 荧光检测： 在测序过程中，标记的核苷酸会发出荧光（激发波长：495 nm，发射波长：520 nm），自动测序仪可以检测到荧光信号，从而确定碱基序列。
二、 基因表达分析
1. 标记探针： 6-FAM被用于qPCR实验中的探针，这些探针设计用于与目标基因的特定区域结合。
2. 定量： 在扩增过程中生成的荧光信号与目标基因的数量成正比，从而可以对基因表达进行定量分析。
三、分子生物学检测：
1. 探针准备： 6-FAM被标记在一个核酸探针上，这个探针将与目标序列杂交。
b. 检测： 6-FAM标记的探针发出的荧光信号通过荧光显微镜进行检测。