抗细菌化合物库EN

库设计
我们的抗菌化合物库构建主要采用基于知识的策略。库设计的首要和基础环节，是使用合适的分子参数谱进行严格的筛选。随后，通过基于亚结构和形状的检索，选取具有优势核心、特征基团和类天然产物骨架的分子，这些结构已知是抗菌活性的关键。
用于筛选的结构片段包括：β-内酰胺类、噁唑烷酮类、喹诺酮类、硝基咪唑类、磺胺类药物以及其他一些类别。下文将描述化合物库中部分分子及作为参照的抗菌药物示例。

抗菌药物占据了一个独特的化学性质空间，这个空间与其他治疗领域的药物存在显著差异。这一事实早已被认识到，像利平斯基五规则这样的通用法则并不适用于这些化合物。抗菌药物与其他药物之间的主要差异在于分子量（MW）和脂溶性（ClogD7.4、ClogP、氢键供体与受体数量，以及相对极性表面积）。这个化合物库与已知抗生素的理化性质分布完美匹配，从而在靶向筛选和细胞水平检测中均能提高命中率。
尤其需要关注的是化合物对革兰氏阴性病原体的细胞穿透性问题，因为只有分子量、脂溶性和极性表面积分布非常窄的化合物才能有效发挥作用。针对革兰氏阴性菌的活性化合物必须克服更多屏障才能生效，即穿透外脂质膜和规避外排泵。
为了应对这一挑战，我们应用了新近发展出的"蓄积规则"，也称为"eNTRy规则"。根据这些规则，一个化合物应具备可离子化的氮原子（伯胺为最佳选择）、低三维复杂度（用"球形度"参数描述）以及不超过5个可旋转键。我们抗菌化合物库中约有20%的化合物成功满足这些eNTRy规则。这些参数是通过http://www.entry-way.org/资源计算的，该资源由Richter, Drown, Riley, Garcia, Shirai, Svec, Hergenrother在《自然》杂志2017年545卷，第299-304页的研究论文中开发。

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。