1M6 (1-Methyl-6-nitroisatoic anhydride) is a SHAPE reagent for the detection of RNA chemical structures.

一、 SHAPE 实验
1.RNA 样本准备：提取并纯化目标 RNA 样本，确保其未受污染且可以在 SHAPE 实验中稳定存在。
2.试剂反应：将 1M6 溶解在适当的溶剂中（如水或缓冲液），并加入到 RNA 样品中。通常，反应是在室温下进行，时间可根据实验设计调整（通常为 10-30分钟）。
3. RNA 修饰：1M6 会与 RNA 分子中的暴露 2'-OH 羟基反应，形成修饰后的 RNA 分子。这些修饰标记的 RNA 片段可以通过不同的测序技术（如高通量测序）进行分析。
4. 分析：分析RNA修饰数据，使用 SHAPE 数据生成 RNA 的结构模型，预测其二级结构或探究其与其他分子之间的交互关系。
二、研究 RNA 结构与功能
1. RNA 二级结构分析：在 RNA 样本中使用 1M6 进行修饰，通过分析修饰的位置来推测 RNA 的二级结构。
2. 相互作用研究：结合其他实验方法（如亲和层析或电泳）来研究 RNA 和其他分子（如蛋白质、小分子配体）之间的相互作用，评估这些相互作用对 RNA 结构的影响。
三、 RNA 折叠动力学研究
1.动态实验：通过在不同时间点添加 1M6，标记 RNA 在折叠过程中不同区域的结构变化。结合实时测序技术，研究 RNA 折叠的过程和中间体。
2.温度梯度实验：在不同温度条件下反应，评估 RNA 在不同热力学条件下的稳定性。
四、RNA 与小分子结合研究
1. 与小分子结合：将小分子添加到 RNA 样本中，使用 1M6 进行标记，分析 RNA 结构变化。
2.对比分析：通过对比未处理和小分子处理的 RNA 样本中 1M6 的修饰数据，识别与小分子结合的结构区域。