CY染料标记的蛋白质制备需保证其浓度为2 mg/mL，以确保最佳标记效果。蛋白溶液的pH值应保持在8.5±0.5，若低于8.0，可用1 M碳酸氢钠调整。为了达到最佳标记效率，蛋白浓度须控制在2-10 mg/mL，并确保在无伯胺和铵离子的缓冲液中。染料准备时，将无水DMSO稀释CY染料制成10 mM储备溶液，并通过玻璃管或旋涡充分混合。储存CY染料需在-20 ℃或-80 ℃避光保存，使用前应以500 μg/mL缩合液活化。染料工作液的用量取决于待标记蛋白的用量，最佳摩尔比约为10。例如，若要标记500 μL 2 mg/mL的IgG (MW=150,000)，则需要CY染料3.95 μL。使用方法包括：1) 使用新鲜配制的10 mM CY染料活化后，缓慢加入0.5 mL蛋白样品溶液，轻轻摇匀混合。2) 反应小管置于避光处，于室温下轻轻摇晃孵育60分钟，每隔10–15分钟轻轻颠倒几次。蛋白纯化脱盐可使用SepHadex G-25柱：1) 按说明书制备SepHadex G-25柱；2) 将反应混合物装入柱顶部；3) 加入PBS (pH 7.2-7.4) 完成样品的柱纯化并获取目标染料-蛋白质缀合物。

Cy5.5 标记的因子 VIIa 是专为肿瘤成像研发的。经这些靶向蛋白标记的 Cy5.5 在肿瘤异种移植物中能特异性定位至少 14 天，而未结合的 Cy5.5 则不会定位于任何异种移植物或器官。此影像化肿瘤 VEC 中抗组织因子的方法，可以用于检测原发性肿瘤和转移灶，并监测体内处理反应。此外，Cy5.5 标记的乳铁蛋白结合的 pH/温度敏感磁性纳米凝胶（Cy5.5-Lf-MPNA 纳米凝胶）被开发为用于胶质瘤术前 MRI 和术中荧光成像的潜在造影剂。