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与BACE相关的活性数据库经过仔细整合(通过在ChEMBL和文献数据中进行搜索),共找到了7,465个报告了足够活性的化合物。同时,所有可用的PDB结构也进行了分析。选取了23个最具代表性的PDB复合物用于分子对接计算。
以下是进一步搜索BACE靶点潜在调节剂的算法:
步骤1:使用PDB、PDBe和pfam,选择所有可用的结构。同时根据文献数据和ChEMBL选择所有活性化合物。
步骤2:选择了23个最具代表性的结构进行分子对接(2b8v、2ohr、2viz、2wjo、2zdz、3exo、3fkt、3hw1、3in3、3l38、3l5b、3l5f、3rsx、3udy、3uqw、3vf3、4acu、4i10、4l7h、4xkx、5hdv、5kqf、5uyu)。
步骤3:然后使用获得的BACE受体结构和Enamine化学数据库进行灵活的分子对接。
步骤4:作为BACE蛋白靶点的结果,选择了7,171个化合物(对接库)。