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库设计
经仔细整合与BACE相关的活动数据库(通过检索ChEMBL及文献数据获得),共发现7,465种具有充分活性报道的化合物。同时分析了所有可用的PDB结构,并选用23个最具代表性的PDB复合物进行分子对接计算。下文将介绍用于搜索BACE靶点潜在调节因子的进一步算法。
步骤1 :通过使用PDB、PDBe和Pfam数据库,筛选了所有可用的蛋白质结构。
同时,基于文献数据和ChEMBL数据库,选取了所有活性化合物。
步骤2 :最终选出23个最具代表性的结构用于分子对接(PDB代码:2b8v、2ohr、2viz、2wjo、2zdz、3exo、3fkt、3hw1、3in3、3l38、3l5b、3l5f、3rsx、3udy、3uqw、3vf3、4acu、4i10、4l7h、4xkx、5hdv、5kqf、5uyu)。
步骤3 :随后,利用获得的BACE受体结构和Enamine化学数据库,进行了柔性分子对接筛选。
步骤4 :最终,针对BACE蛋白靶点,从对接库中筛选出7,171个化合物。





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