CY3-SE的使用方法参考：

1. 蛋白制备
   建议将蛋白 (抗体) 浓度配制为 2 mg/mL，蛋白溶液 pH 值为 8.5±0.5，若 pH 低于 8.0，推荐用 1 M 碳酸氢钠进行调整。
   注：若蛋白浓度低于 2 mg/mL，标记效率会大大降低，为了获得最佳标记效率，建议最终蛋白质浓度范围为 2-10 mg/mL。蛋白缓冲液中不能含有伯胺 (如 Tris 或甘氨酸) 和铵离子，否则会影响标记效率。
2. 染料制备
   用无水 DMSO 溶解 CY3-SE 染料，制成 10 mg/ml 储备溶液，建议分装后 -20 ℃ 或 -80 ℃ 避光保存。
3. 染料用量计算
   标记反应所需的 CY3-SE 染料用量取决于要标记蛋白的用量，CY3-SE 染料与蛋白的最佳摩尔比为 10 左右。
   例：假如所需标记蛋白为 500 μL 2 mg/mL 的 IgG (MW=150,000),用 100 μL DMSO 溶解一管 1 mg CY3-SE 染料，则所需 CY3-SE 体积为 4.88 μL，具体计算流程如下：

1. mmol (IgG) = mg/mL (IgG) ×mL (IgG) / MW (IgG) =2 mg/mL×0.5 mL / 150,000 mg/mmol= 6.7×10-6 mmol
2. mmol (CY3-SE) = mmol (IgG) ×10 =6.7×10-6 mmol×10 = 6.7×10-5 mmol
3. μL (CY3-SE) = mmol (CY3-SE) ×MW (CY3-SE) / mg/μL (CY3-SE) = 6.7×10-5 mmol× 727.84 mg/mmol / 0.01 mg/μL =4.88 μL (CY3-SE)

4. 标记反应
   取对应体积的 10 mg/ml CY3-SE缓慢加入到 0.5 mL 蛋白样品溶液中，轻轻摇匀混合，然后短暂离心将样品收集在反应管底部。然后将反应管置于避光处，在室温下轻轻摇晃孵育 60 分钟，每隔 10–15 分钟，将反应管轻轻颠倒几次。
5. 蛋白纯化
   使用适当的方法纯化染料-蛋白质偶联物。