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采用受体导向与配体导向相结合的策略构建。在受体导向部分,使用了HMG-CoA还原酶的晶体结构(PDB编号:2R4F)。配体导向部分则基于ChEMBL数据库中已知的HMG-CoA还原酶抑制剂训练集进行筛选。输入化合物(源自OTAVAchemicals药物样绿色化合物库)首先根据已知抑制剂的理化参数进行范围限定,随后通过分子对接、受体导向药效团搜索及三维定量构效关系(3D-QSAR)模型进行独立筛选。获得的分子对接复合物需根据对接得分阈值进行过滤,并检查其与活性位点关键残基之间的分子间疏水接触或氢键。最终筛选出两个子集:第一个子集包含通过分子对接和药效团方法获得的化合物,第二个子集则由分子对接与3D-QSAR方法共同筛选的化合物组成。为避免错误结合模式的配体,两个子集均经过人工目视核查。
该文库仅包含类药物化合物,为旨在胆固醇水平管理的研究和药物发现提供了良好的基础。