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对多种DNA结构进行了细致的研究与分析：(1) G-四链体结构：G-四链体是由富含鸟嘌呤序列形成的堆叠G-四联体构成的一种非经典DNA结构。该结构可通过单价阳离子（如K⁺和Na⁺）稳定。G-四链体常见于MYC等原癌基因的启动子区域，在调控基因表达中发挥重要作用。理解配体与G-四链体的结合机制，有助于探索靶向原癌基因和调控基因表达的潜在治疗策略。(2) 双螺旋DNA结构是两条DNA链相互缠绕形成的基本构型。DNA双链的完整性对细胞和生物体的稳定与功能至关重要，其中DNA双链断裂是尤为关键的事件，可引发多种后果。该现象与人类综合征、神经退行性疾病、免疫缺陷及癌症的发生密切相关。
为筛选潜在DNA配体，对蛋白质数据库（PDB）及PDBe中所有含配体的DNA结构进行了系统性分析。随后选取以下条目进行计算机模拟筛选：5W77、6JJ0、7KBW、5T4W、6IJW、7KWK、5Z80、6CCW、6SX3和7EL7。研究中采用两种主要结合方式筛选潜在配体：
嵌入结合：配体插入堆叠的DNA碱基对之间。
DNA沟槽结合：配体与DNA沟槽结合，且不显著破坏DNA结构。
分子对接模拟基于以下特征进行构建：氢键供体/受体药效团、芳香基团、空间位阻及体积排阻特征。每个药效团模型均包含通用特征与特异性特征，使结合位点能针对各DNA靶标结构及其对应天然配体进行特异性识别。具体示例如下所示。
组蛋白赖氨酸甲基转移酶分子对接模拟的示例
A. 小沟（PDB ID 6IJW - 左图）涉及QCy-DT DNA配体与6IJW的结合，配体应匹配三个芳香特征。
B. G-四链体（PDB ID 6CCW - 右图）的基于小檗碱嵌入G-四链体结构特征的药效团模型。该配体应由三个芳香环部分（F1、F2和F3）构成，能够堆叠在DNA碱基G12、G16、A15和T13之间。
DNA及其天然配体以灰色显示，对接的配体以黄色突出。
分子性质
包装和储存
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