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参与基因组表观遗传调控的酶对于小分子治疗干预具有很大的潜力,而DNA甲基转移酶(DNMT)是新一类癌症治疗药物开发的新兴靶点。
人类基因组编码了三种活性的DNA甲基转移酶:DNMT1、DNMT3a和DNMT3b。在正常和癌细胞的复制过程中,DNMT1负责维持DNA甲基化模式,并且对于细胞的增殖和存活至关重要。DNMT3a和DNMT3b是新生DNA甲基转移酶,参与胚胎发育和基因组印记的建立。对正常细胞和肿瘤细胞的DNA甲基化模式分析表明,许多人类肿瘤展现出改变的甲基化特征。
针对DNMT3b和DNMT1结构的Drug-like Green Collection的虚拟筛选经过了从ChemblDB获取的已知DNMT抑制剂的参考集的验证。化合物的最终选择是通过检查活性位点关键结构决定因素、对接评分截断过滤、来自文献综述的关键活性位点残基的分子间氢键以及排除预测的DNMT1和DNMT3b交叉结合物实现的。此外,在选择过程中还应用了一个由两个氢键供体、两个氢键受体和一个疏水区域组成的三维药效团模型。