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通过比对蛋白质结合位点的关键氨基酸与已知强效抑制剂的特征,设计了潜在选择性c-Met抑制剂的筛选化合物库。基于PDB编号2RFS的X射线晶体结构,我们构建了c-Met激酶结合位点的对接模型,并采用ChEMBL数据库中的已知抑制剂参考集验证筛选模型。通过Surflex-Dock工具(SYBYL-X)对接已知活性化合物,确定了配体结合的关键氨基酸残基,进而使用SYBYL-X的Unity模块制备了蛋白质结合位点的Unity查询模型(筛选工具)。该查询模型包含以下特征:受体/供体位点、疏水区域及蛋白质表面空间约束(图1)。
我们对库存化合物库进行了全面过滤,排除具有泛筛选干扰化合物(PAINS)特性的分子。筛选程序采用柔性搜索模式和特征约束限制(至少4个匹配特征),应用于预过滤后的库存化合物集合。








































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