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库设计
采用了配体与结构两种方法进行库设计。配体方法基于对已知高活性配体(来自ChEMBL和BindingDB的200余种化合物)参考集进行三维药效团搜索。重点聚焦于药物研发中成熟的B类GPCR变构调节剂,使用参考化合物集构建了两个药效团模型,并通过活性与非活性配体训练集进行了验证(图1)。最终,从Enamine MedChem集合(71万化合物)中筛选出6200余个小分子,构成基于药效团的变构GPCR子集。
采用基于结构的方法,应用于人胰高血糖素受体(GCGR)和人促肾上腺皮质激素释放因子1型受体(CRF1R)。以PDB条目5EE7和4K5Y记录的相关蛋白质结构经优化后,通过Glide(Schrödinger软件)进行分子对接计算。与共结晶配体相比,得分效能至少达到50%的化合物被筛选为苗头化合物,并纳入目标化合物集:h-GCGR集——200个化合物;h-CRF1R集:7,200个化合物(图2和图3)。
分子的例子





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