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MitoSOX Red 是一种具有特异性和细胞膜渗透性且靶向活细胞线粒体的新型荧光探针。MitoSOX Red 进入线粒体后会被超氧化物氧化，而不会被其他 ROS 或 RNS 生成系统氧化。MitoSOX Red 随后与线粒体内核酸结合，产生强红色荧光。MitoSOX Red 可以作为荧光指示剂，特异性检测超氧化物。超氧化物歧化酶 (Superoxide dismutase，SOD) 能够预防 MitoSOX Red 氧化。

ER-Tracker Green (ERTG) 是一种细胞通透性活细胞染色剂，用于活细胞成像。ER-Tracker Green 激发波长为 504 nm，发射波长为 511 nm。

Nile Red (Nile Blue A oxazone) 是一种选择性疏水性荧光染料，针对细胞内脂质小滴和中性脂质。它在所有有机溶剂中均具有强烈的荧光性，其荧光颜色范围从金黄色到深红色。

DiI (DiIC18(3)) 是一种亲脂性膜染料，通常用作神经元和其它细胞的长期示踪剂。DiI 在进入细胞膜之前荧光非常弱，仅当进入到细胞膜后才可以被激发出很强的橙红色荧光 (λex=549 nm，λem=565 nm)。

Rhodamine 123 是一种荧光染料（λex=503 nm, λem=527 nm）。

LysoTracker Red (LysoTracker Red DND-99) 是一种用于溶酶体捕获的荧光探针化合物，是 P-糖蛋白的转运底物，最大激发 发射波长为 577 590 nm 。LysoTracker Red 可用于长期追踪酸性囊泡。

BODIPY 505 515 是一种亲脂性荧光探针，可定位到细胞内的脂质体，已被用于标记脂滴。BODIPY 505 515 已被用于电子显微镜、外荧光显微镜、共聚焦显微镜以及各种藻类物种的流式细胞仪应用中。

MKT-077 (FJ-776) 是一种阳离子红花青染料，通过抑制 Hsp70 分子伴侣家族成员的能力，显示出对癌细胞系的抗增殖活性。

TMRE (Tetramethylrhodamine ethyl ester perchlorate) 是线粒体特异性染料 (λex=550 nm，λem=575 nm)。

Rhodamine 800 是近红外荧光染料的一种。

Rhodamine 6G (Basic Red 1) 是一种罗丹明类似物，可用于表征 MRP1 介导的流出的动力学，测定 Pgp 的流出，可用作激光染料和潜在的线粒体探针。

Neutral Red 是含氮 pH 指示剂(pKi=6.8)，是类囊体内部酸化的指示剂。它能够将溶酶体染成红色。

Acridine Orange 10-Nonyl Bromide是一种线粒体荧光探针，与线粒体内膜中的心磷脂（cardiolipin）结合，依赖于线粒体膜电位，激发波长为490 nm, 发射波长为510~525 nm。

2-Di-1-ASP 是单苯乙烯基染料，对 G-四链体和双链 DNA 具有选择性。它普遍用作双链 DNA 的线粒体染色和凹槽结合荧光探针。

MitoPerOx是一种线粒体靶向的脂质过氧化荧光探针和比例探针，由C11-BODIPY 581/591探针衍生而来，最大激发波长为495nm，脂质过氧化时最大发射波长从590nm变为520nm，可以通过荧光法、共聚焦显微镜和表观荧光活细胞成像来测量。

Rhod-2 AM 是一种线粒体荧光探针，λex 为 552 nm，λem 为 581 nm。

TMRM is a cell-permeant cationic lipophilic red fluorescent dye (λex: 530 nm, λem: 592 nm).

Endoplasmic reticulum dye 1 is a highly effective live cell imaging agent used for detecting exocytotic events occurring at the plasma membrane. This compound exhibits minimal cytotoxicity and is resistant to photobleaching, making it an ideal choice for visualizing both short and long-term processes.

FIM-1，一种荧光PKC（蛋白激酶C）探针，专用于线粒体染色，兼具ATP竞争催化位点抑制剂的功能，有效抑制PKC。

Rhodamine 700 is an organic perchlorate salt and has a role as a fluorochrome.

ICG-OSu, also known as ICG NHS ester, is a near-infrared fluorescent agent commonly utilized for the development of in vivo imaging probes due to its amine-reactive properties.

MitoMark Green I is a green fluorescent mitochondrial stain [λmax ~ 490/516 nm].

HKSOX-1m (5 6-mixture) serves as a mitochondria-targeting O2 fluorescent probe with an excitation emission wavelength of 509 534nm (green), showcasing exceptional selectivity and sensitivity for O2 across a wide pH spectrum and in the presence of strong oxidants and prevalent reductants within cells.

HKSOX-1m (5 6-mixture) hydrobromide 是靶向线粒体的 O2•−荧光探针(Ex Em=509 534 nm; 绿色)，具有极好的选择性，且在较大范围的 pH 值区间，细胞中即使有大量强氧化剂和还原剂的时候依然有效。