骨架多样性精选库符合Lipinski规则,具备良好的成药潜力:
- 分子量范围300-500,剔除分子量过小的简单分子,减少非特异阳性分子出现的概率,剔除分子量过大的复杂分子,分子更易透过细胞膜,并能降低后续结构改造难度。
- 氢键受体数范围1-9,控制氢键受体的数量有助于提高化合物的膜通透性和溶解性,从而改善口服吸收。
- 氢键供体数范围0-5,提高化合物的膜通透性,从而改善口服吸收。
良好的溶解性质:
- cLogP范围-4.5~6,主要集中分布于0~4之间。较高的LogP值具有更好的脂溶性,更易透过细胞膜,较低的LogP值具有更好的水溶性,使药物分子更易被吸收。本库的cLogP范围选取适中,在亲脂性和水溶性之间体现较好的平衡。
- LogSw范围-8~1,主要集中分布于-4~0之间。LogSw在-4~0之间的化合物水溶性更好。
符合Veber规则,具有良好的口服生物利用度特性:
- 可旋转键数量范围0~10,主要集中在3~6之间,保持适度的分子刚性,提高结合特异性和生物活性,
- 拓扑极性表面积范围6~150,主要集中在40~120之间,控制化合物的极性特征,减少与水分子的过度相互作用,提高膜通透性。
优异的结构多样性,两种多样性挑选方式,提升化合物库结构多样性:
- 相似性聚类分析:基于MACCS分子指纹,通过70%的Tanimoto相似性阈值聚类分析,挑选结构差异性明显的化合物。本库的聚类簇(Cluster)中有6799个簇仅包含一个化合物,不同化合物之间具有较显著的差异性。
- Bemis Murcko框架分析:将所有分子分解为其核心骨架和侧链部分,突出其关键结构特征,为每个分子生成Bemis Murcko框架。再对同框架的分子进行多样性挑选,其中2473个Bemis Murcko框架仅挑选1个对应分子,512个Bemis Murcko框架仅挑选2个对应分子。