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亮点
• 筛选出一批具有中枢神经系统(CNS)药物研发潜力的合成大环化合物
• 通过全面的构象分析,鉴定出具有内部氢键的低能量大环构象
分析流程
1.保留所有CNS MPO≥4.0的大环分子(这些分子无需形成分子内氢键即可满足MPO阈值要求)
2.剔除所有CNS MPO<4.0且无法通过全部氢键供体内化实现校正后CNS MPO≥4.0的大环分子
3.对剩余CNS MPO<4.0但具有形成分子内氢键潜力、可能达到校正后CNS MPO≥4.0的大环分子,进行扩展构象搜索(包括分子力学最小化、快速隐式振动分析及短时分子动力学模拟)
4.统计构象搜索预测的最大分子内氢键数量(分析的构象均处于最低能垒2.8 kcal/mol范围内)
5.根据预测的分子内氢键数量计算校正后MPO评分,保留校正后CNS MPO≥4.0的大环分子
6.将步骤1和步骤5获得的大环分子合并为CNS子集(共3,000余种大环分子)

图1:基于二维结构,采用标准中枢神经系统药物多参数优化(CNS MPO)方法计算时,大环化合物ID 14120758的MPO评分为3.0。详细的3D构象分析表明,该大环化合物在低能构象(低能构象定义为与最低能量相差2.8 kcal/mol以内的构象)中形成3个分子内氢键。经调整后的CNS MPO评分仅计入溶剂暴露的氢键供体,并根据每个分子内氢键将拓扑极性表面积(TPSA)减少20Ų。