蛋白（抗体）原液制备需配置为2 mg/mL以获得最佳标记效果。1) 调整蛋白溶液的pH至8.5±0.5，如若低于8.0，用1 M碳酸氢钠调整。2) 若蛋白浓度低于2 mg/mL，标记效率会显著降低，建议最终蛋白浓度在2-10 mg/mL之间。3) 蛋白应在不含伯胺（如Tris或甘氨酸）及铵离子的缓冲液中以免影响标记效率。对于染料准备，用无水DMSO稀释CY染料至10 mM储备溶液，并通过玻璃管或旋涡充分混合；建议CY储存液在分装后避光存于-20 ℃或-80 ℃。在计算染料工作液用量时，CY染料用量依赖于所需标记蛋白的量，最佳的CY染料与蛋白摩尔比为10。例如：若标记500 μL 2 mg/mL的IgG (MW=150,000)，用100 μL DMSO溶解一管1 mg CY染料，则所需CY体积为3.95 μL。详细计算流程：1) mmol ( IgG ) = mg/mL ( IgG ) ×mL ( IgG ) / MW ( IgG ) =2 mg/mL×0.5 mL / 150,000 mg/mmol= 6.7×10^-6 mmol。 2) mmol (Cy5.5-SE) = mmol ( IgG ) ×10 =6.7×10^-6 mmol×10 = 6.7×10^-5 mmol。3) μL (Cy5.5-SE) = mmol (Cy5.5-SE) ×MW (Cy5.5-SE) / mg/μL (Cy5.5-SE) = 6.7×10^-5 mmol× 590.15 mg/mmol / 0.01 mg/μL =3.95 μL。标记反应：1) 慢慢加入算好的10 mg/mL新鲜CY染料至0.5 mL蛋白样品中，轻摇混合并短暂离心样品至反应管底，避免剧烈混合防止蛋白变性。2) 反应管置于避光处，室温轻摇孵育60分钟，每隔10–15分钟轻轻颠倒混匀两种反应物，提高标记效率。蛋白纯化脱盐示例使用SepHadex G-25柱：1) 准备SepHadex G-25柱。2) 装反应混合物至柱顶。3) 当样品运行到树脂下方时立即加PBS (pH 7.2-7.4)。4) 继续加PBS (pH 7.2-7.4)完成柱纯化，收集含目标染料-蛋白质缀合物的组分。

以上信息均来源于已发表文献，具体实验方案请根据实际研究需求进行适当调整。

Cy5.5 标记的因子 VIIa 专为肿瘤成像设计。这些靶向蛋白标记的 Cy5.5 能够在至少 14 天内特异性定位于肿瘤异种移植物，而未结合的 Cy5.5 不定位于任何异种移植物或器官。此成像方法针对肿瘤 VEC 的抗组织因子，用于检测原发性肿瘤和转移灶，并监测体内治疗反应。与 Cy5.5 标记的乳铁蛋白结合的 pH/温度敏感磁性纳米凝胶（Cy5.5-Lf-MPNA 纳米凝胶）被研发为用于胶质瘤术前 MRI 和术中荧光成像的潜力造影剂。