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Products for COVID-2019

新型冠状病毒感染症(COVID-19)的病例在各地爆发以来,一家医院接一家医院被挤爆,全球死亡人数超过4.9万人(2020-4-3),寻找治疗方法的冲刺急剧加快。 阻止新型冠状病毒——严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)的药物可以挽救重症患者的生命,保护医护人员和其他高危感染人员,并减少患者在医院病床上的时间。


作为世界知名的小分子化合物供应商,TargetMol采用Swiss-Model Homology modeling流程生成可靠的Spike-RBD、ACE2、Mpro (3CLpro)、PLpro、nsp16、X域和RdRp (nsp12)蛋白模型或3D蛋白结构。 这些蛋白模型为对SARS-CoV-2关键蛋白进行虚拟筛选提供了充分的信息。


The process of SARS-CoV-2 infection


虚拟筛选

在第一轮Surflex-Dock虚拟筛选中,为了加速虚拟筛选,将构像的最大数量由20个减少到10个,可旋转键的最大数量由100个减少到50个。 在第二轮Surflex对接模块筛选中,根据对接得分选取前500位构像,将参数重置为默认值。 最后,选取对接得分前100的构象进行人工筛选。


人工筛选

最后一步是人工筛选前100个化合物,提取这些化合物,进一步分析配体与活性位点之间的相互作用,如氢键、静电吸引、疏水效应、π-π叠加、阳离子-π相互作用等。 配体的结构是否具有足够的刚性(特别是对于RBD-ACE2体系中的蛋白-蛋白相互作用,即键的可旋转量)。


TargetMol Anti-COVID-19 Compound Library

分子库 信息 化合物
3CLpro-Targeted compound library (CADD) 根据3CLpro的蛋白质结构,多篇发表的研究论文发现了几种有潜力通过虚拟筛选治疗COVID-19的药物,如针对其他病毒中的PLpro和3CLpro的药物,如艾滋病毒药物、洛匹那韦和利托那韦。 161
ACE2-Targeted compound library (CADD) 融合了SARS-CoV S1亚基四个不同的结构域: NTD、CTD1、CTD2和CTD3。 其中,CTD1是受体结合区域,三聚体中的一个CTD1呈“上”构象,这是SARS-CoV与细胞受体血管紧张素转换酶2 (ACE2)结合的先决条件。在中东呼吸综合征冠状病毒S糖蛋白中也有类似的CTD1突出呈“上”的观察结果。 针对S蛋白RBD与ACE2的相互作用是阻止冠状病毒进入宿主细胞的重要治疗策略。 462
RBD-Targeted compound library (CADD) 206
nsp16-Targeted compound library (CADD) Nsp16通过催化m7GpppA-RNA的甲基化,使病毒mRNA具有伪装和遮蔽自身的能力,从而阻止宿主免疫反应的识别和激活,而这是病毒成功感染的必要条件。 沙奎那韦和洛匹那韦这两种抗艾滋病药物可以抑制NSP16甲基转移酶的活性,从而抑制病毒的功能和复制。 281
PLpro-Targeted compound library (CADD) 类木瓜蛋白酶(papin -like proteinase, PLpro)编码于Nsp3,负责复制酶多蛋白的n端裂解,释放Nsp1、Nsp2和Nsp3,这对纠正病毒复制和拮抗宿主先天免疫至关重要。 474
RdRP-Targeted compound library (CADD) RdRp是病毒基因组复制系统的核心成分,在SARS-CoV和MERS-CoV抑制剂的研究中被用作一个非常重要的药物靶点。 瑞德西韦是一种有效的抗SARS - cov -2的核苷酸模拟抑制剂。 464
X-Domain-Targeted compound library (CADD) RdRp是病毒基因组复制系统的核心成分,在SARS-CoV和MERS-CoV抑制剂的研究中被用作一个非常重要的药物靶点。 X结构域是Pp1a的一个保守结构,在Pp1a被病毒编码的半胱氨酸蛋白酶(木瓜样蛋白酶PLpro)剪切后成为Nsp3的一部分。 它是一种具有催化活性的ADP -核糖-1-磷酸酶,被认为在病毒亚基因组RNA的合成中发挥作用,因此可以用于药物筛选或设计。 瑞德西韦是一种有效的抗SARS-CoV -2的核苷酸模拟抑制剂。 463

有潜力的抗病毒药物

基于上述虚拟筛选结果,并结合近期的临床报道,我们也获得了一些有价值的潜在SARS-CoV-2药物,可以通过药物再定位策略缩短药物开发周期。

化合物 信息 临床信息
Darunavir Darunavir是一种艾滋病毒蛋白酶抑制剂,用于治疗艾滋病和艾滋病毒感染。 FDA批准
Remdesivir Remdesivir是核苷类似物,具有有效的抗病毒活性 临床期
Camostat mesilate Camostat是一种胰蛋白酶样蛋白酶抑制剂,可抑制气道上皮钠通道(ENaC)功能。 批准
Baricitinib Baricitinib是Janus激酶1和2 (JAK1/2)的口服生物有效抑制剂,具有潜在的抗炎、免疫调节和抗肿瘤活性。 FDA批准
Favipiravir Favipiravir (T-705)是一种有效和选择性的RNA聚合酶抑制剂,用于治疗流感病毒感染。 批准
Ribavirin Ribavirin是一种合成的核苷类似物,具有抗丙型肝炎病毒和其他RNA病毒的活性。 FDA批准
Chloroquine diphosphate Chloroquine是一种氨基喹啉类抗疟药,也是toll样受体(TLRs)的抑制剂。 FDA批准
Nitazoxanide Nitazoxanide是一种合成的具有抗原虫活性的苯甲酰胺。 FDA批准

COVID-19现已被宣布为大流行,迫切需要新的治疗方法。 科学家们正在努力寻找针对这种病毒的抗病毒药物。 作为药物筛选领域的专家,TargetMol愿与全球药物发现科学家分享虚拟筛选结果,以对抗这种新型冠状病毒。 您可以将您的姓名和单位发送到tech@tsbiochem.com获取完整的虚拟筛选结果。

*所有产品仅供研究使用,不供人体使用。