protein-rna interaction

TLR3-IN-1 (CU CPT 4a) 是一种选择性的TLR3信号抑制剂，在 RAW 264.7 细胞中 IC50 为 3.44 μM。它可以抑制 TLR3/dsRNA 复合物介导的下游信号通路，并抑制全细胞中 TNF-α 和 IL-1β 的产生。

Quarfloxin (CX-3543) 是一种氟喹诺酮衍生物，具有抗肿瘤活性，可靶向抑制RNA pol I 的活性，在神经母细胞瘤细胞中的 IC50 值在纳摩尔范围内。它破坏核糖体 DNA 模板中核仁蛋白和 G-四链体 DNA 结构之间的相互作用。

PT-129 是一种靶向 G3BP1/2 NTF2 结构域 (蛋白-RNA 相互作用位点) 的 RPOTAC 降解剂，可促进细胞内应激颗粒的分解。该化合物能抑制在应激条件下细胞内应激颗粒的形成，并作用于已存在的应激颗粒，从而干扰 ATF4 的传递，抑制癌细胞增殖。应激颗粒 (SGs) 是在应激条件下形成的无膜细胞质隔室，有助于 ATF4 从成纤维细胞迁移至肿瘤细胞，促进肿瘤生长。G3BP1/2 作为 SGs 网络的中心蛋白，其抑制作用可能降低肿瘤微环境中癌细胞的抗压能力。PT-129 由靶蛋白配体 (red part)G3BP1/2-Targeting ligand-1、E3 连接酶配体 (blue part)Thalidomide 4-fluoride 以及 PROTAC linker (black part)Amino-PEG3-C2-acid 组成；其中 E3 连接酶配体和 linker 构成复合物 Thalidomide-NH-PEG3-propionic acid。

FAZ-3780 (compound G3Ib) 是一种结合 G3BP1/2 的 NTF2L 结构域的抑制剂，其与 G3BP1 的结合常数 (Kd) 为 0.54 μM。FAZ-3780 作用于 G3BP1/2 的蛋白质-蛋白质相互作用区域，在体外能够特异性抑制 G3BP1、caprin 1 和 RNA 的共缩合。

Fli-1-IN-1 (compound 21) fumarate 是一种FLI1靶向剂，可直接结合并抑制EWS-FLI1蛋白质间的相互作用。EWS-FLI1 能够结合 RNA 解旋酶 A，而Fli-1-IN-1 fumarate 通过抑制 EWS-FLI1 展现出潜在的抗癌活性。

LPPM-8 是 Med25 的配体，同时也是 Med25 蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 的抑制剂。它通过与其激活剂相互作用域的 H2 面结合，稳定细胞蛋白质组中的全长蛋白质。作为 H2 结合转录激活剂 (例如 ATF6a) 的正位抑制剂，LPPM-8 参与调节 RNA 聚合酶 II 依赖性基因的转录，并能够与 ATF6α 结合以形成转录复合物。LPPM-8 适用于研究 Med25 及其 Mediator complex 的复杂生物学。

MX69 是用于抗癌研究的一种MDM2/XIAP 抑制剂。

CR-1-31-B, a synthetic rocaglate, acts as a highly potent inhibitor of eIF4A. By disrupting the interaction between eIF4A and RNA, it effectively obstructs the initiation phase of protein synthesis. Specifically, CR-1-31-B interferes with the association between Plasmodium falciparum eIF4A (PfeIF4A) and RNA. Additionally, CR-1-31-B induces apoptosis in neuroblastoma and gallbladder cancer cells [4].

Anticancer agent 73 是一种抗癌剂，它能有效地靶向反式激活反应（TAR）RNA 结合蛋白2（TRBP），并破坏TRBP-Dicer 的相互作用。Anticancer agent 73 通过调节 HCC 细胞中 miRNA 组和蛋白质组的表达谱，在体外和体内抑制 HCC 的生长和转移。

CDK-IN-9 (compound 24) 是一种 CDK 的有效抑制剂。CDK-IN-9 也是一种能够诱导 CDK12 和 DDB1 相互作用的分子胶， 能够作用于 CDK2/E (IC50: 4 nM) 。CDK-IN-9 能够导致细胞周期蛋白 K (cyclin K) 的多泛素化及其随后的降解。CDK-IN-9 可以利用去磷酸化视网膜母细胞瘤蛋白和RNA 聚合酶 II，进而诱导细胞凋亡 (apoptosis)。

Clemizole sulfate is a drug in clinical development for the treatment of hepatitis C virus (HCV) infection. Clemizole is a novel inhibitor of TRPC5 channels. Clemizole is an H1 antagonist. Clemizole, an antihistamine drug that was once widely used for treatment of allergic disease, was recently discovered to be a potent inhibitor (IC50, 24 nM) of the interaction between an HCV protein (NS4B) and HCV RNA. Although clemizole was widely used during the 1950s and 1960s, this was before contemporary regulatory requirements were established for new drug development, and there is very minimal information about its pharmacokinetics and metabolism.

Azaphilone-9 (AZA-9) 通过结合RNA结合蛋白Hu抗原R (HuR) 抑制HuR-ARERNA相互作用的抑制剂(IC50=1.2 μM)。HuR-RNA相互作用稳定了肿瘤中的许多致癌mRNA。因此，Azaphilone-9可能对抑制癌细胞的生长和进展具有潜力。

PINT-87aa是一种由LINC-PINT编码的环状RNAp53诱导的转录本所编码的87氨基酸肽。该肽能直接与PAF1c互作，抑制多种癌基因的转录延伸，并在体外及体内抑制胶质母细胞瘤细胞增殖。

MYC-RIBOTAC 是一种针对MYC内部核糖体进入位点（IRES）的核糖核酸酶靶向降解剂（RIBOTAC）。该化合物结合了MYC mRNA的靶向组分以及一种可招募并激活RNA酶L1的小分子。通过降低MYC的mRNA和蛋白质表达水平，MYC-RIBOTAC诱导细胞发生凋亡，应用于抗肿瘤治疗的研究。

TMV-IN-6（Compound 4g）是抗病毒和杀真菌剂，其作用机制为结合烟草花叶病毒（TMV）CP，从而抑制病毒组装，并干扰TMVCP与RNA的组装过程。

LIN28-IN-1（compound 5）是针对RNA结合蛋白LIN28的抑制剂，可与LIN28的冷休克结构域（CSD）发生结合。该化合物能有效阻断LIN28与let-7miRNA的交互作用，具有显著的IC50值为5.4 μM，从而抑制LIN28在表观遗传学中的负向调控功能。此外，LIN28-IN-1在IC50为6.4 μM的条件下，显著抑制了过表达LIN28的JAR癌细胞的增殖。

CDK9-Cyclin T1 PPI-IN-1 (Compound B19) 是CDK9-Cyclin T1蛋白-蛋白相互作用的选择性抑制剂。该化合物能够有效抑制TNBC MDA-MB-231细胞系的细胞增殖(IC50: 0.044 μM)，诱导细胞凋亡，同时降低CDK9的转录活性并减少RNA Pol II CTD ser2的磷酸化，有效地抑制了4T1移植瘤模型小鼠中肿瘤的生长。

Tat-CIRP是一种肽类抑制剂，用于抑制髓样分化2蛋白(MD-2，亦称淋巴细胞抗原96 [LY96])与寒冷诱导的RNA结合蛋白(CIRP)之间的蛋白-蛋白相互作用。它通过与MD-2结合，干扰MD-2与CIRP之间的相互作用，这一作用在共免疫沉淀实验中得到证实。在体内实验中，Tat-CIRP (10及20 mg/kg) 能够减少由中脑动脉闭塞(MCAO)引发的小鼠脑梗死体积。同样，在通过血栓引发脑梗死的恒河猴模型中，Tat-CIRP同样能减少脑梗死体积，并缩短患中风一侧手臂抓取并放下食物的时间。

Fli-1-IN-1（compound 21）为针对FLI1的化合物，能有效阻断EWS-FLI1蛋白间相互作用。该化合物通过抑制EWS-FLI1与RNA解旋酶A的结合，展示出其抗癌潜力。

Fleephilone 是从 Trichoderma harzianum 分离得到的一种真菌代谢物，也是 HIV REV/RRE 结合的抑制剂。Fleephilone 能够抑制 REV 蛋白与 RRE RNA 的结合，IC50 为 7.6 μM。