蛋白结构模拟物化合物库

库设计
传统的三残基方法

基于靶标的设计方法：我们针对选定的α-螺旋结构域和β-转角（如MDM2-p53、MDM2-CK1α、HIF1-α、MEF2-HDAC4、HIV-1 gp41、CD81/CV、Bcl-2/Bcl-xL等）进行了聚焦化合物库的设计。通过虚拟筛选后，优先选择了具有新颖化学型（新母核）的分子结构。
在“传统”的三残基模拟策略中，我们设计了具有非常规核心结构的化合物，这些核心携带规则的关键残基，能够模拟位于同一识别面（“热点”）上的i、i+3/i+4及i+7位残基。在模拟α-螺旋界面时，我们也考虑了双面螺旋模拟物。对于β-转角模拟物，我们应用了三种基于不同相互作用类型的查询模型：π-π堆积、阳离子-π相互作用与氢键相互作用，以及S-π相互作用。后续的聚焦设计工作，以模拟Bim BH3结构域与Mcl-1和Bcl-2之间的相互作用为例，鉴定出了具有高Fsp3（sp3杂化碳原子比例）特征的稠合多氢化氮杂环化合物。
基于配体的设计方法：我们筛选了与已知α-螺旋和β-转角模拟物拓扑结构相近的新化学型。基于形状的相似性筛选和药效团筛选是库设计的主要工具。
我们特别筛选了具有阶梯状环状骨架、富含Fsp3的独特优势骨架，以增强与靶标α-螺旋和β-转角基序的拓扑及药效团相互作用。

分子特征

• 可选用DMSO耐受的96/384孔板或2D 条形码编码管；
• 干粉蓝冰运输，DMSO溶液干冰运输；
• 排布：96孔板：1st & 12th 空白对照，384孔板：1st & 2nd & 23th & 24th空白对照。